Фамилия Себта — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это сразу указывает на её вероятное нерусское происхождение. В русском языке нет корня «себт-» с внятным лексическим значением, поэтому искать объяснение стоит за пределами восточнославянского ареала.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с арабским или тюркским миром. В арабском языке есть слово «сабт» (ثبت) — «устойчивый», «твёрдый», «постоянный», а также «доказательство» или «запись». Через тюркское посредничество (например, у крымских татар или народов Кавказа) это слово могло превратиться в личное имя или прозвище Септа, Себта — с характерным для многих тюркских языков переходом «с» в «с» и оглушением согласной. Суффикс -а в русской адаптации нередко оформлял такие заимствованные имена в фамилии без дополнительных суффиксов, по модели «из прозвища — в фамилию».

Вторая гипотеза, менее убедительная, отсылает к еврейской среде. В идише или иврите «себта» или «савта» означает «бабушка» (от арамейского). Однако фамилия, образованная от слова «бабушка» без уменьшительного суффикса, встречается редко; обычно такие прозвища давали не в качестве фамилии, а как бытовое обращение.

Географически фамилия Себта встречается точечно: единичные носители зафиксированы в южных регионах России, на Северном Кавказе и в среде крымских татар. Это подтверждает версию о тюркском или арабо-тюркском корне — именно в этих местах исторически сильны контакты с исламским миром.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Себт- плюс окончание -а, типичное для русских фамилий женского рода, но в данном случае закрепившееся как неизменяемая форма для всех членов семьи. Никакого суффикса принадлежности (-ов, -ин) нет, что для русских фамилий нетипично и лишний раз говорит о недавнем переходе в русский ономастикон из другого языка.