Фамилия Седергин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Седе́рг-», не встречается в распространённых списках русских имён, прозвищ или профессий, что заставляет искать другие пути объяснения. Скорее всего, перед нам вариант фамилии, образованной от географического названия или от искажённого иностранного корня, который попал в русскую среду и адаптировался по законам русской ономастики.

Самая правдоподобная версия связывает Седергина с топонимом Седерга — названием населённого пункта. Такие деревни или урочища могли существовать на северо-западе России, в зоне бывшего новгородского влияния или на землях, граничащих с финно-угорскими территориями. В этом случае фамилия построена по типичной русской модели: название места + суффикс -ин. Человек из Седерги становился Седергиным, то есть «сыном того, кто из Седерги». Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Дубровин, Бородин, Репин.

Альтернативная гипотеза — происхождение от прозвища, связанного с диалектным словом «седерга», если таковое существовало. Однако в доступных словарях русских говоров (включая «Словарь русских народных говоров») слово «седерга» не зафиксировано. Значит, эта версия остаётся чисто умозрительной и менее вероятной. Также не стоит исключать, что фамилия могла возникнуть из финского или карельского корня, где «seder» или «seter» могло означать что-то вроде «осока» или «болотистое место», что косвенно подтверждает первую версию — имя для выходца из болотистой местности.

С точки зрения словообразования, фамилия Седергин принадлежит к древнему и продуктивному типу. Её основа оканчивается на твёрдый согласный, поэтому суффикс -ин, а не -ов. По сословному происхождению носители такой фамилии могли быть как крестьянами (названными по деревне), так и служилыми людьми, если Седерга была погостом или владельческим селом. В любом случае, Седергин — это фамилия, которая почти наверняка привязана к конкретному месту на карте, и её разгадка лежит в старых писцовых книгах или картах северо-западных губерний.