Фамилия Сеготский почти наверняка указывает на географическое происхождение предка: её основа — топоним Сеготь. Так называется посёлок в Пучежском районе Ивановской области, а также река, на которой он стоит. Модель образования типична для русских дворянских и духовных фамилий: к названию места добавили суффикс -ск-, который в сочетании с окончанием -ий даёт значение «родом из Сеготи» или «относящийся к Сеготи». По такому же принципу появились фамилии Угличский, Ржевский или Тверской.

Документы начала XX века подтверждают связь фамилии именно с этим регионом: среди носителей фамилии много выходцев из окрестностей Сеготи. В «Книге памяти Нижегородской области» упомянут священник Макарьевской церкви Иван Петрович Сеготский, родившийся в 1881 году в Юрьевецком районе Ивановской Промышленной области. В «Книге памяти Орловской области» записан Сергей Иванович Сеготский, родившийся в 1907 году в городе Чухлома Ивановской области. Обе точки — Юрьевец и Чухлома — находятся в том же регионе, что и Сеготь, что делает версию о топонимическом происхождении фамилии основной.

Стоит заметить, что фамилия редкая и в общероссийских ономастических справочниках подробно не разбирается. Однако сам факт её бытования именно в этом ареале говорит о том, что предки носителей, скорее всего, были местными жителями — крестьянами, мещанами или духовенством. Суффикс -ск- в крестьянской среде встречается реже, чем в дворянской или церковной, поэтому можно предположить, что фамилия закрепилась либо через семинарию, либо через переселение, когда человека записывали по месту выхода.

Если копнуть глубже, то название Сеготь, вероятно, финно-угорского происхождения, как и многие гидронимы этого края. В нём угадывается основа, близкая к прибалтийско-финским словам со значением «река» или «вода», хотя точная этимология спорна. Но для фамилии это не принципиально: важнее, что она цепко держит память о малой родине — посёлке, который дал имя реке, а река — фамилии.