Фамилия Сеидшахов — одна из тех, что сразу выдают восточные корни и высокий социальный статус предков. Её основа — составное арабское слово «сеидшах». Первая часть, «сеид» (араб. سيد — господин, повелитель), в исламском мире означает потомка пророка Мухаммеда. Вторая часть, «шах» (перс. شاه — царь, правитель), добавляет значение верховной власти. Вместе эти два титула образовывали сложное имя-прозвище, которое могло принадлежать человеку, обладавшему одновременно духовным и светским авторитетом, — например, главе влиятельного суфийского ордена или правителю небольшого владения.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Сеидшаха». Это типичный случай, когда фамилии из тюркской или персидской среды оформлялись по-русски после вхождения регионов в состав Российской империи. Носители такой фамилии — скорее всего, выходцы из Закавказья или Средней Азии, где титул «сеид» был особенно распространён в среде шиитских богословов и аристократии. Встречаются варианты написания с «с» на конце (Сеидшахов) и с «х» (Сеидшахов), что связано с особенностями передачи арабского звука «ха» на русском.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс просто добавляет фамилию от имени отца, здесь мы видим редкий случай, когда основа сама по себе — уже составной титул. Это сразу отсекает версии о происхождении от ремесла или прозвища. Сеидшахов — фамилия, которая говорит о родословной, а не о занятии. Среди носителей, вероятно, были муллы, кадии (судьи) или представители местной знати, которые после реформ XIX века получили фамилию по имени своего знаменитого предка — Сеидшаха.