Фамилия Секер — редкий случай в русском ономастиконе, где короткое звучание скрывает сразу несколько возможных корней. Самая вероятная версия отсылает к основе «сек-» (сечь, рубить). В южнорусских и украинских говорах «секер» или «секеря» означало топор, секиру. Тогда фамилия — прозвище дровосека, плотника или воина, который ловко обращался с этим оружием. Модель образования здесь бессуффиксная: прозвище перешло в фамилию без добавления типичных -ов или -ин, что чаще встречается у украинских и польских фамилий (сравните Коваль, Ткач).

Вторая версия выводит фамилию из тюркских языков. В татарском и башкирском «сәкер» — прыгать, скакать. Такое прозвище могли дать резвому, непоседливому человеку или наезднику. Учитывая, что фамилия встречается у поволжских татар и башкир (в форме Сәкеров, но встречается и без суффикса), эта этимология не менее реальна, чем славянская.

Географически фамилия Секер рассеяна: её носители есть в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина), в Беларуси, а также в Татарстане и Башкортостане. В русских переписных книгах XVII века она не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении как фамилии, скорее всего, в XIX веке, когда фамилии давали однодворцам и государственным крестьянам.

Особенность написания — отсутствие типичного русского суффикса. Если бы фамилия формировалась в центральной России, мы бы получили Секеров или Секирин. Форма Секер выдает регион, где упрощали окончания, либо иноязычное происхождение. В любом случае, фамилия короткая, звонкая и, вероятно, указывала на занятие или характер предка — рубаку, плотника или скакуна.