Фамилия Секерская — женская форма фамилии Секерский, и её разумнее всего разбирать именно с мужского варианта. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ск- указывает на географическую или топонимическую основу. Такие фамилии обычно получали дворяне по названию своих поместий, а также выходцы из сёл и местечек, особенно на западе и юго-западе Российской империи. В польской и украинской традиции суффикс -ский (-ski) был распространён повсеместно, поэтому Секерский — типичная фамилия шляхетского или мещанского происхождения с территории бывшей Речи Посполитой.

Корень «секер-» восходит к польскому и украинскому слову «секера» (siekiera) — топор. Прозвище Секера давали либо человеку сурового, «рубящего» нрава, либо плотнику, лесорубу, дровосеку. В старых польских и малороссийских говорах «секера» означала и боевой топор, поэтому прозвище могло пристать к воину или сторожу. Таким образом, первым носителем фамилии Секерский мог быть либо владелец усадьбы, либо житель деревни, чей предок носил прозвище Секера, а со временем добавил к нему дворянский суффикс.

Есть и более конкретная географическая версия. В Польше и на западе Украины существовали населённые пункты с названием Секерка, Секерки, Секерно. Житель такого села, переезжая в другой регион, получал фамилию по месту прежнего жительства — Секерский. В этом случае связь с топором остаётся, но уже через название деревни, которую могли назвать в честь орудия или по имени основателя.

Фамилия редкая и не имеет массового распространения в современной России. Её концентрация выше в западных областях (Брянская, Смоленская), а также в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её западнорусские и польские корни. В дворянских родословных книгах фамилия не фигурирует как широко известная, что говорит скорее о мелкопоместном или однодворческом происхождении носителей.

В написании возможна вариативность: Секерская и изредка Сикерская (через «и» под влиянием акающих говоров). Но основной вариант сохраняет этимологически верное «е» после «с», отсылающее к исходному слову «секера».