Фамилия Секей — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет не русское, а венгерское происхождение. В русском языке она выглядит как типичная фамилия на -ей, но её основа — этноним «секей» (секеи, székely). Так называлась особая этническая группа венгров, веками жившая в Трансильвании (историческая область на территории современной Румынии). Секеи были известны как воинственное пограничное население, охранявшее восточные рубежи Венгерского королевства. Соответственно, прозвище Секей в русской среде мог получить человек, имевший отношение к этому народу: либо выходец из Трансильвании, либо тот, кто служил вместе с секеями, либо даже обладатель характерной внешности или одежды, напоминавшей о них.

Появление такой фамилии в русском контексте — скорее всего, результат контактов в XVIII–XIX веках, когда в состав Российской империи вошли земли с многонациональным населением, в том числе после разделов Речи Посполитой. Венгерские военнопленные, наёмники или переселенцы могли осесть на юге России, в Бессарабии или на Украине. Позже их потомки получили фамилию по отцу — Секей, которая закрепилась без изменений, как это часто бывало с иноязычными прозвищами.

Морфологически фамилия стоит особняком: в ней нет ни русского суффикса притяжательности (-ов, -ин), ни типичного для украинских или белорусских фамилий окончания. Это чистая основа, что указывает на её позднее оформление или на то, что носители не переделывали её на русский лад. Встречается она крайне редко, преимущественно на юге России и в Причерноморье, что косвенно подтверждает версию о миграции секеев в эти регионы.

Есть и менее вероятная, но формально возможная версия: от тюркского слова «секей» (например, в некоторых тюркских языках — «прыгун», «скакун»). Однако в русской ономастике эта гипотеза не находит серьёзной поддержки, так как никаких следов такого прозвища в старых документах не обнаружено, а венгерский след объясняет и географию, и редкость фамилии. Так что, скорее всего, предки современных Секеев — те самые трансильванские пограничники, чьё имя стало фамилией их потомков.