Фамилия Секненков — наглядный пример того, как тюркское имя или прозвище легло в основу русской фамилии, обросло типичным русским суффиксом и закрепилось в документах. Ключевой элемент здесь — корень «Секнен-», который с высокой вероятностью восходит к тюркскому личному имени Секнен (Секмен). В тюркских языках это слово имело значение «воин», «дружинник», «стражник» — так называли людей, нёсших военную или охранную службу. В османской традиции «секбаны» были стрелками, а в Поволжье и на южных рубежах России это слово бытовало как имя-прозвище, указывающее на профессию или характер.

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе, превратил имя отца в фамилию: «чей сын?» — Секненков, то есть потомок Секнена. Суффикс -енк- в данном случае не украинский уменьшительный (как в фамилиях на -енко), а часть тюркской основы, которая в русском языке была переосмыслена и получила стандартное патронимическое окончание. Это редкий случай, когда тюркский корень не был усечён или русифицирован до неузнаваемости, а сохранился почти целиком.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русские контактировали с тюркским населением: южные области России (Воронежская, Ростовская, Саратовская), а также Поволжье. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного родоначальника, который в XVI–XVII веках нёс службу на южной границе или в казачьей среде. Сословно предки Секненковых, вероятнее всего, были служилыми людьми (стрельцами, казаками, пушкарями), а не крестьянами: прозвище «воин» давали не землепашцам.

В ономастических словарях фамилия не описана подробно, но по аналогии с фамилиями Секменёв, Секменов, Секнеев можно уверенно говорить о её тюркском корне. Если сравнивать с фамилией Секретарёв (от должности), то Секненков — того же порядка: прозвище было не именем в крещальном смысле, а социальным маркером. Таким образом, носитель фамилии Секненков может считать своим предком человека, который в XVI–XVII веках охранял границу, ходил в походы или состоял в военной дружине.