Фамилия Секотова — женская форма фамилии Секотов, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени, которое давали человеку с необычной, «секущей» речью или манерой поведения. Основа «сек-» в русских говорах имеет два ярких значения: «рубить, отсекать» и «хлестать, бить прутом». В переносном смысле «сечь» означало говорить резко, отрывисто, прямо в лоб, без обиняков. Так могли прозвать либо вспыльчивого и прямолинейного человека, либо того, кто наказывал провинившихся — например, сельского старосту или палача. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным словом «секоть» — так в некоторых областях называли насекомое, кусающееся или жалящее, вроде слепня или овода. Прозвище Секот или Секотый могло закрепиться за надоедливым человеком.

Словообразовательная модель проста: к основе «секот-» добавился типичный для русских фамилий суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Секотов, то есть сын или потомок Секоты). Форма Секотова — это притяжательное прилагательное, перешедшее в фамилию по женской линии. Суффикс -от- в основе редок и характерен для прозвищ, образованных от глаголов со значением повторяющегося действия: «секотать» (часто сечь, рубить или говорить резко). Аналогичные фамилии — Секачёв, Секацкий, Сечин — подтверждают, что корень «сек-» активен в русской ономастике.

Географически фамилия Секотова встречается в основном в центральной России и Поволжье, с единичными записями в архивных документах XIX века по Тверской и Нижегородской губерниям. Сословно предки Секотовых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвищные фамилии такого типа редко встречались у дворян, которые чаще брали фамилии от имений или церковных имён. Особенность фамилии — её редкая огласовка: ударение в большинстве случаев падает на второй слог (Секотова), хотя в некоторых говорах возможно ударение на последний слог, что сближает её с украинской моделью фамилий на -енко.

Спорных версий немного. Этимология от тюркского «сек» (собака) маловероятна — в русских фамилиях такие заимствования обычно имеют другой суффикс и ареал. Более правдоподобно, что фамилия чисто славянская, прозвищная, и её носитель в первом поколении был человеком, которого «секли» или который сам «сек» — в прямом или переносном смысле.