Фамилия Селдушева образована от мужского варианта Селдушев, и в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Селдуш. Чтобы понять значение, нужно разобрать корень «Селд-», который с высокой вероятностью связан со словом «селёдка» (древнерусское «сельдь»). В говорах слово «селдуш» или «селдуха» могло означать либо продавца рыбы, либо человека, чем-то напоминающего сельдь — худого, вертлявого, или, напротив, получившего такое прозвище за любовь к этой рыбе. Суффикс «-уш» в древнерусских именах часто придавал уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок (сравните: Ванюш, Петруш), так что Селдуш — это, скорее всего, «маленькая селёдка» или «селёдочка».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -уш перешло в основу, к которой добавили притяжательный суффикс -ев. Форма Селдушев означает «сын Селдуша» или «принадлежащий Селдушу». Важно, что суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (в данном случае «ш»). Фамилия эта довольно редкая, и её география, судя по доступным данным, тяготеет к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Костромской областям. Именно там рыбный промысел (в том числе сельдяной) был традиционным занятием, и прозвища, связанные с рыбой, встречались чаще.

Есть и менее вероятная версия: связь с тюркским словом «селдуз» (звезда) или «селдуш» (водяной, русалка), но она не подкреплена ни ареалом распространения фамилии, ни типичными для тюркских заимствований суффиксами. Скорее всего, перед нами чисто русское «рыбное» прозвище, которое закрепилось за родом из северных мест. Предок Селдушевых мог быть рыбаком, торговцем рыбой или просто получить уличное прозвище по сходству с некрупной, но живучей сельдью. Женская форма Селдушева закрепилась как фамилия по мужу или отцу, и сегодня её носительницы могут иметь предков из тех же северных деревень, где в XVI–XVII веках жили люди с прозвищем Селдуш.