Фамилия Селигенченко звучит необычно, и её основа сразу же вызывает вопрос: откуда такое имя? Ответ кроется в географии. Скорее всего, в основе фамилии лежит название озера Селигер — одного из крупнейших озёр в Тверской и Новгородской областях. Человек, получивший прозвище Селигер или Селиген, мог быть выходцем с берегов этого озера либо иметь к нему иное отношение (например, заниматься рыбным промыслом или перевозкой). Форма «Селиген» — это, вероятно, местный диалектный или просторечный вариант названия, где конечное «р» могло отпасть или измениться под влиянием говора.

Суффикс «-енко» в фамилии Селигенченко — типичный украинский или южнорусский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Селигенченко — это «сын Селигена». Важно, что в этом случае суффикс «-енко» присоединяется не напрямую к основе «Селиген», а через промежуточный суффикс «-ч-», что характерно для фамилий, образованных от прозвищ на «-ец» или «-ич». Сравните: Селиген — Селигенко — Селигенченко (с добавлением «ч» для плавности звучания). Такая модель распространена на Левобережной Украине и в прилегающих районах России.

С точки зрения сословной истории, фамилии на «-енко» в XVII–XVIII веках чаще всего получали казаки, крестьяне и мещане. Если предки Селигенченко были выходцами с Селигера, они могли переселиться на юг, в малороссийские земли, где и получили фамилию по месту прежнего жительства. В этом случае фамилия — не столько родовое имя, сколько «географическая метка», которую дали первому переселенцу.

Есть и более редкая, но возможная гипотеза: основа «Селиген» могла быть не топонимической, а личной. В старых русских святцах встречается редкое имя Селиван (от лат. Silvanus — «лесной»). В некоторых говорах «Селиван» могло трансформироваться в «Селиген», а затем дать фамилию. Однако версия с озером Селигер выглядит гораздо убедительнее, так как название водоёма широко известно, а имя Селиван встречается редко и не дало большого числа фамилий.

Таким образом, фамилия Селигенченко — это, вероятнее всего, топонимическая фамилия, указывающая на связь предка с озером Селигер, оформленная по южнорусской или украинской модели. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека, который перебрался с севера на юг, сохранив в фамилии память о родных местах.