Фамилия Селис — редкий случай, когда корень слова не даёт однозначной подсказки. Самый вероятный путь её происхождения — географический. Фамилия могла возникнуть у выходцев из местечка Селис (Selis) в Литве, либо из латвийской волости Селис (Selija). В таком случае она относится к группе фамилий, образованных от названия места жительства без дополнительного суффикса — так называемые «топонимические» фамилии, характерные для балтийского и польского ареала. В русской традиции похожая модель встречается реже, но для переселенцев из западных губерний это обычное дело.

Менее очевидная, но возможная версия — прозвище от латышского «selis» (гонец, вестник) или литовского «selėti» (выслеживать, идти по следу). В таком случае Селис — человек, который выполнял функции посыльного, разведчика или следопыта. Эта версия менее надёжна, потому что не подкреплена массовостью фамилии в Прибалтике, но лингвистически возможна.

Также стоит учесть, что в польском языке существует слово «seles» (сельдерей), но для прозвища это слишком позднее и маловероятное заимствование. Фамилия не имеет суффикса -ов/-ин, что сразу указывает на её нерусское происхождение — скорее всего, она пришла из польской, литовской или латышской среды и сохранилась в неизменном виде. Встречается она в основном на северо-западе России и в Беларуси, что подтверждает прибалтийский след.