Фамилия Селюкене — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание «-ене» выдает в ней литовское происхождение: это типичная женская форма литовских фамилий, образованная с помощью суффикса -ėnė (в русской передаче — «-ене»). В Литве такие фамилии указывают на принадлежность к роду: мужская форма звучала бы как Селюкас или Селюкис, а Селюкене — это «жена Селюкиса» или «дочь из рода Селюков». Таким образом, носительница фамилии — женщина, чьи предки-мужчины носили основу «Селюк».

Основа «Селюк» восходит к литовскому личному имени или прозвищу. Скорее всего, в её основе лежит корень sel-, связанный с глаголом sėlėti («подкрадываться», «красться») или sėlinti («выслеживать»). Отсюда — прозвище Sėlius, Sėliukas для человека скрытного, осторожного или, напротив, ловкого охотника. Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в Литве есть несколько местечек с корнем «Селю» (например, Sėliai), и фамилия могла возникнуть от названия местности, откуда родом был предок.

В русском контексте фамилия Селюкене — результат литуанизации, то есть адаптации литовской фамилии через суффикс, характерный для балтийских языков. Встречается она преимущественно в регионах, где исторически жили литовцы или была сильна литовская диаспора: в Калининградской области, на северо-западе России, а также в Беларуси и Латвии. До XX века такие фамилии почти не фиксировались в центральных губерниях России — их принесли с собой переселенцы или потомки литовских дворян и крестьян, оказавшихся в составе Российской империи после разделов Речи Посполитой.

Социальный контекст фамилии неоднозначен. С одной стороны, суффикс «-ене» типичен для крестьянских и мещанских родов Литвы, где фамилии закрепились поздно, в XIX веке. С другой — основа «Селюк» могла принадлежать и шляхтичу, но без дополнительных документов (гербовников, метрик) определить сословие предков сложно. Спорных версий здесь немного: единственная альтернатива — связь с тюркским корнем «селюк» (например, от имени Селюк в Османской империи), но она маловероятна, так как суффикс «-ене» однозначно указывает на балтийскую, а не тюркскую модель.