Фамилия Селюткина образована от мужского прозвища или имени Селютка. В её основе лежит суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Селюткина буквально значит «жена или дочь Селюта». Такая модель типична для фамилий, возникших в северных и центральных областях России, где -ин конкурировал с -ов.

Само имя Селютка — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Селиван (от лат. Silvanus — «лесной бог» в римской мифологии, лесной). В народном произношении имя Селиван часто стягивалось: Селюта, Селютка. В словаре В. Даля встречается слово «селюта» как диалектное, но оно не связано с именем — это название птицы (снегирь или свиристель). Однако в основе фамилии лежит именно личное имя, а не прозвище по птице: суффикс -к- в Селютке типичен для разговорных форм крестильных имён (ср. Ванька, Митька).

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Вятке. В метрических книгах XIX века Селюткины встречаются в Казанской, Нижегородской и Вятской губерниях. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречаются варианты написания Селюткин и реже Селюткина — женская форма, закрепившаяся как фамилия для женщины или данная по отцу.

Редкий суффикс -ут- в основе (Селюта) нехарактерен для русских фамилий. Чаще встречаются формы на -ута от имён (Махута, Валюта), но Селюта — почти уникальный случай. Это делает фамилию интересным объектом для диалектной ономастики: она сохранила локальную особенность произношения, не перешедшую в литературную норму.