Фамилия Сэмэн — редкий случай, когда написание прямо указывает на путь, которым имя пришло в русский язык. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, а сама основа — это фонетическая запись имени Семён, но не в его литературной, а в диалектной или иноязычной передаче.

В основе фамилии лежит каноническое имя Симеон (др.-евр. «услышанный Богом»), которое в русской народной среде дало форму Семён. Однако на окраинах империи, особенно там, где русское население соседствовало с тюркскими или финно-угорскими народами, а также в среде старообрядцев, звук «ё» часто заменялся на «э» или «е». Так Семён превращался в Сэмэн. В некоторых говорах это было следствием «ёканья» — произношения «э» на месте «ё» под ударением. Таким образом, фамилия Сэмэн — это не искажение, а сохранение живого произношения, которое не попало в орфографическую норму XIX века.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована непосредственно от имени без дополнительного суффикса. В русской традиции такие фамилии (так называемые «полуотчества») чаще встречались в среде крестьянства и казачества, особенно на юге и востоке России, а также в Белоруссии и на Украине, где фамилии на -енко или без суффикса были обычны. В данном случае, если бы предка звали Сэмэн, его дети могли получить фамилию Сэмэнов, но форма Сэмэн закрепилась как самостоятельная, что говорит о её возможном происхождении из среды, где фамилии складывались поздно и фиксировались «на слух» — например, при переписях в Сибири или на Дальнем Востоке.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был русским или обрусевшим человеком, которого в официальных документах записали так, как он сам себя называл в быту. В отличие от фамилии Семёнов, которая указывает на принадлежность к роду Семёна, фамилия Сэмэн — это прямое прозвище-имя, которое могло закрепиться за главой семьи без изменений. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её надёжным маркером локальной семейной традиции, а не массового распространения.