Фамилия Семгушка — редкий случай, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, без привычных фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Она представляет собой «прозвищную» фамилию, то есть напрямую произошла от личного прозвания Семгушка. Такие бессуффиксные формы характерны в основном для украинской и белорусской ономастики, а в русской среде чаще встречаются в западных и южных регионах бывшей Российской империи.

Основа фамилии — слово «семга», благородная рыба из семейства лососевых. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- придает прозвищу оттенок нежности или иронии. Вероятнее всего, Семгушкой в крестьянской или промысловой среде называли человека, имевшего отношение к ловле, продаже или приготовлению семги. На Русском Севере, особенно в Архангельской губернии и на побережье Белого моря, семужный промысел кормил целые деревни, и прозвище могло закрепиться за удачливым рыбаком или торговцем рыбой.

Менее вероятна, но возможна версия, что Семгушка — это переосмысленное каноническое имя. В народе имя Семён (от древнееврейского «услышанный Богом») могло получить уменьшительную форму Семгушка через ступень Семга, но такое словообразование нехарактерно для русской антропонимии: обычно от Семёна образуются Сема, Семка, Сёма. Поэтому версия с рыбой выглядит убедительнее.

Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам — она бытовала в среде государственных и монастырских крестьян, занимавшихся промыслами. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии Семгушка встречаются единично, что подтверждает её редкость. Сегодня она почти исчезла: по открытым данным, в России живут буквально несколько человек с такой фамилией, преимущественно в северо-западных областях.