Фамилия Семзеныш — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя или профессия, а почти забытое слово из народной речи. Судя по суффиксу -ыш, перед нами модель, характерная для прозвищ, которые давали по характерному признаку: «малыш» (от «малый»), «голыш» (от «голый»), «коротыш». В слове «Семзеныш» корень «семзен-» указывает на диалектное «семзень» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли скупость, прижимистость, а самого скупого человека — «семзой» или «семзёй». Прозвище Семзеныш, таким образом, означало «скуповатый, жадный до мелочей» или, в более мягкой трактовке, «расчётливый хозяин».

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная: от основы «семз-» (сравните с «семзя» — скряга) образовали прилагательное «семзеный» (скупой), а от него — прозвище с уменьшительно-уничижительным оттенком. Суффикс -ыш в таких фамилиях встречается редко, чаще он остаётся в прозвищах, не закрепляясь в официальных документах. Поэтому Семзеныш — фамилия, скорее всего, однодворческая или крестьянская, возникшая в среде, где меткое словцо ценили выше благозвучия.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: следы слова «семзя» фиксируются в псковских и тверских говорах, а также в архангельских. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища могли записывать как Семзенев или Семзенов, но вариант на -ыш сохранился только в устной традиции. Фамилия не получила распространения — это штучный, почти угасший ономастический реликт, который держится в нескольких семьях.

В отличие от популярных фамилий на -ов/-ев, Семзеныш не связан с отчеством, а прямо наследует прозвище предка. Носитель такой фамилии мог быть не столько скупым, сколько бережливым крестьянином, которого соседи дразнили за излишнюю расчётливость. Других версий происхождения, кроме как от диалектного «семзя», нет — попытки вывести корень из тюркских или балтских языков не подтверждаются ни фонетически, ни исторически.