Фамилия Сенагноева образована от прозвища, и её разбор заставляет заглянуть в словари диалектной лексики. Основа здесь — не имя и не профессия, а глагол «гноить» с приставкой «сена-». В русских говорах «сенагноить» означало «сгноить, дать чему-то пропасть, испортить». Скорее всего, прозвище Сенагной или Сенагноев дали человеку, который по нерадивости или невезению портил припасы — зерно, сено, продукты. Такое прозвище — приговор соседей: «Всё сгноит, ничего не сбережёт». Впрочем, возможно и ироничное переосмысление: так могли назвать запасливого хозяина, который держал что-то до полного загнивания.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от прозвищ на -ой или -ый: Сенагной → Сенагноев → Сенагноева (женская форма). Фамилия редкая, встречается в основном в южнорусских и поволжских регионах, где диалектное слово «сенагноить» бытовало активно. В документах XVII–XVIII веков можно найти похожие прозвища — Гнилой, Гноев, Гнойный, — но именно приставочная форма «Сенагноев» почти не фиксируется в боярских списках и переписях, что говорит о её крестьянском или посадском происхождении.

Спорных версий немного. Кто-то пытается связать фамилию с тюркским корнем «сен» (ты) и «агна» (нечто), но это натяжка: русская словообразовательная модель здесь очевиднее. Ещё реже встречается гипотеза о происхождении от топонима Сенагноевка — таких деревень в исторических документах нет. Так что наиболее правдоподобна версия с прозвищем по действию: предок носителя фамилии был человеком, за которым закрепилась репутация «портящего добро», и это прозвище перешло в фамилию. В современном языке фамилия звучит неблагозвучно, но её корни — в бытовой наблюдательности русской деревни, где меткое слово часто прилипало на века.