Фамилия Сендонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать суффикс и возможные основы, а также учесть, что фамилия могла сформироваться в разных языковых средах.

Самый вероятный путь образования — отчество через суффикс -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Сендонин, то есть сын или потомок Сендони. Основа Сендони- может быть искажённой формой имени или прозвища. Здесь возможны два варианта, и оба связаны с географией.

Первый вариант: Сендонин — это русифицированная форма фамилии из западных или южнославянских языков, например, польского или украинского. В польском языке есть фамилия Sędowin или Sędziwin, образованная от имени Sędziwój (Сендивой), где корень sędzić означает «судить». При переходе в русскую среду звук «дз» (dz) мог упроститься до «д», а окончание измениться под влиянием русской модели. В этом случае предок Сендонина мог быть судьёй или человеком, связанным с судопроизводством, либо носить древнее славянское имя с этим корнем.

Второй вариант, менее очевидный, но возможный для юга России: фамилия могла возникнуть от прозвища Сендо́ня. В русских говорах, особенно в рязанских и тамбовских, слово «сендух» или «сендушка» означало нечто вялое, медлительное или неряшливое. Если предположить, что в основе лежит диалектное «сендонить» (медлить, копаться), то прозвище Сендоня получал неторопливый или рассеянный человек. Суффикс -ин в таком случае работал стандартно: Сендонин — из семьи Сендони.

Третий, самый редкий пласт — финно-угорский субстрат. В Поволжье и на севере встречаются фамилии на -онин, восходящие к местным именам. Сендонин может быть связан с мордовским (эрзянским) именем Сендей или Сендюш, где корень «сенд» означает «гнилой» или «старый» — такие имена давали как обереги от злых духов. Фамилия закрепилась бы в русской среде через суффикс -ин, свойственный и русской, и мордовской ономастике.

Однозначно определить, какой из этих путей верен, без генеалогического исследования нельзя. Но надёжнее всего выглядит первая версия — западнославянская, с корнем «суд». В пользу этого говорит и то, что фамилия Сендонин встречается в основном в центральных и южных областях России, куда в XVI–XVII веках активно переселялись поляки и украинцы. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская — суффикс -ин в таких фамилиях массово закреплялся именно за непривилегированными сословиями.