Фамилия Сердонин — редкий пример, где основа не бросается в глаза, а суффикс подсказывает происхождение. Модель образования простая: к основе «Сердон-» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство по отцу. Вопрос, что скрывается за словом «Сердон».

Самая прямая версия — от прозвища или неканонического имени Сердоня. В русских говорах слово «сердон» или «сердун» могло означать сердитого, вспыльчивого человека, того, кто «сердцем» горяч. Однако здесь есть фонетический нюанс: если бы прозвище произошло от «сердце», мы бы ожидали форму «Сердец» или «Сердечкин», а не «Сердонин». Более вероятно, что в основе лежит диалектное или заимствованное слово. Например, в северо-западных говорах (псковских, новгородских) «сердон» фиксировали как вариант слова «сердце» — через «о» в корне. Тогда прозвище Сердоня могло означать «сердечный», «милый», «любимчик», что даёт совсем другую, противоположную характеристику.

Есть и менее очевидный, но возможный путь: от гидронима или топонима. В бассейне Волги и Оки встречаются речки с названием Сердона, Сердонка. В этом случае фамилия Сердонин могла образоваться от названия местности, где жил человек: «выходец с Сердоны» или «живущий на реке Сердоне». Суффикс -ин здесь работает как притяжательный, но уже от географического имени.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сердюков, Сердечный, Сердцев — показывает, что Сердонин стоит особняком. У него нет очевидного «сердечного» корня с мягким знаком, что подтверждает: либо это диалектная форма, либо иная основа, не связанная напрямую с анатомией. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, что согласуется с версией о северо-западных говорах.

Сословно предки Сердониных могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ин в этой среде были массовыми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.