Фамилия Сененька — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя или прозвище, а уменьшительная форма от другого, более распространённого прозвища. Сразу бросается в глаза суффикс -еньк-, который в русском языке придаёт слову ласкательный, уменьшительный оттенок. Это не типичный фамильный суффикс, как -ов или -ин. Скорее всего, перед нами «застывшая» форма прозвища, которое закрепилось за человеком в быту и со временем стало его официальной фамилией.

Корень фамилии — Сен-. Самая очевидная версия: основа от имени Семён (через просторечную форму Сеня). Сеня — Сененька — так могли ласково называть в семье или в деревне человека по имени Семён. В русской ономастике зафиксированы случаи, когда прозвище на -енька становилось фамилией (сравните: Митенька, Ванька). Однако есть и другой вариант: Сененька могло быть прозвищем, образованным от глагола «сенить» или слова «сень» (тень, укрытие). В говорах так могли назвать человека, который любил сидеть в тени, прятаться от работы, или, наоборот, того, кто давал приют, «укрывал» других. Но эта версия менее вероятна, так как суффикс -еньк- для прозвищ от нарицательных слов в русском языке нехарактерен — обычно так образуют имена собственные.

Географически фамилия Сененька встречается крайне редко. Основные очаги — западные регионы России (Смоленская, Брянская области) и восток Беларуси. Это объяснимо: в этих местах были распространены уменьшительные формы имён с суффиксом -еньк-, которые в центральной России чаще заменялись на -ечк- или -очк- (Сенечка). Фамилия могла возникнуть в крестьянской среде, где прозвище было единственным способом отличить одного Семёна от другого: Семён Сененька, то есть «маленький Семён» или «Семён, которого все так звали».

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская. Дворянские фамилии редко образовывались от таких «домашних» форм — им больше подходили патронимы на -ов/-ев или -ский. Сененька — это фамилия, которая сохранила тепло устного обращения, не пройдя через канцелярскую обработку. В документах XVIII–XIX веков её могли записывать по-разному: Сененка, Сененьков, но форма без суффикса -ов закрепилась, видимо, потому, что прозвище было настолько устойчивым, что его не стали переделывать.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Сененька стоит особняком от массовых Сенякиных, Сенчиных или Сенютиных. Те образованы стандартными фамильными суффиксами (-ин, -утин), а Сененька — реликт живой разговорной речи, где ласкательное прозвище не превратили в «официальную» форму, а приняли как есть.