Фамилия Сепаева — яркий пример того, как географическая привязка и этническое происхождение могут быть важнее, чем значение корня. Это, скорее всего, фамилия тюркского происхождения, распространённая в Поволжье и на Урале, в первую очередь среди татар и башкир.

Ключ к разгадке — суффикс «-ев». Он указывает на «принадлежность»: Сепаева — это «дочь» или «жена» некоего Сепая. Мужской вариант фамилии — Сепаев. Основа «Сепай» — это, вероятнее всего, вариант тюркского имени «Сапай» или «Сепе». В татарском и башкирском языках «сепе» (или «саба») — это «стебель», «соломина», а в переносном смысле — «худой», «стройный» человек. Прозвище могли дать за высокий и худощавый рост.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых тюркских диалектах слово «сеп» означает «приправа», «снадобье» или «лекарство». Тогда Сепай — это человек, связанный с врачеванием, знахарь или просто тот, кто любил добавлять много специй в еду. Однако первая версия — от прозвища по внешности — встречается в фамилиях гораздо чаще.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя или прозвище Сепай (Сепе) + русский патронимический суффикс «-ев», который добавился при русификации фамилии в XVIII–XIX веках. Это типичная история для народов, вошедших в состав Российской империи: исконное имя получало русское фамильное окончание.

Географически фамилия Сепаева привязана к регионам компактного проживания татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении — вероятно, от одного общего предка в конкретной деревне. Сословно носители фамилии были, скорее всего, государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами.

В отличие от многих русских фамилий, где корень легко читается («Кузнецов», «Попов»), Сепаева требует этнографического контекста. Это не «сын сепа» в прямом смысле, а «принадлежащий к роду Сепая» — человека, которого когда-то прозвали за стройность или, что менее вероятно, за знахарское ремесло.