Фамилия Сепаев — одна из тех, где на первый взгляд всё прозрачно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Самое первое, что бросается в глаза: корень «сеп» почти не встречается в русских именах и прозвищах. В славянской ономастике нет слова «сеп» в значении, которое могло бы лечь в основу фамилии. Поэтому почти наверняка перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная под русскую модель.

Модель образования здесь классическая: основа плюс суффикс -ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что исходное слово оканчивалось на мягкий согласный или «й». По-русски это означает «сын Сепая» или «принадлежащий Сепаю». Имя или прозвище Сепай, от которого всё пошло, — вот что требует расшифровки.

В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «сеп» имеет несколько значений. Самое распространённое — «основа», «опора», «фундамент». В переносном смысле так могли назвать крепкого, надёжного человека, на которого можно положиться. В казахском языке есть слово «сеп» в значении «помощь», «подспорье». В башкирском «сеп» — это ещё и «средство», «способ». Таким образом, Сепай — это, скорее всего, прозвище по личному качеству: опора семьи или помощник.

Вторая версия — топонимическая. В Башкортостане есть река Сепа (Сепе), а в Татарстане — населённые пункты с похожими названиями. В таком случае Сепаев — это указание на выходца с определённой местности: «тот, кто с Сепы». Однако эта версия менее вероятна, потому что фамилии от названий рек обычно образуются с суффиксом -ский (Сепинский, Сепецкий), а не -ев.

Географически фамилия Сепаев встречается заметно чаще в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, чем в других регионах России. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение. Сословно предки Сепаевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, а также могли относиться к служилым татарам. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Интересная деталь: фамилия не меняла написания. В отличие от многих адаптированных фамилий, которые в XIX веке могли записывать то через «а», то через «о» (Сепо́ев), вариант «Сепаев» оказался устойчивым. Это говорит о том, что ударение в исходном имени падало на первый слог — Сéпай, а не Сепáй. В русском языке такое ударение сохранилось: Сéпаев.