Фамилия Сепаненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках вытеснила более ранние патронимы на -ович/-евич. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Сепаненко буквально — «сын Сепана», «потомок Сепана».

Основа фамилии — Сепан — это просторечная, диалектная форма канонического крестильного имени Степан (от греческого Στέφανος — «венок», «венец»). В украинских говорах имя Степан нередко произносили как Сепан (с переходом т в п под влиянием соседних звуков или как местная фонетическая особенность). Такая же картина наблюдается в фамилиях Сепанов, Сепанец, где корень тот же. Таким образом, этимология Сепаненко прозрачна: это украинский патроним от разговорной формы имени Степан.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, где суффикс -енко наиболее распространён. Встречается она и на юге России, куда попала с переселенцами. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России давали по отцу, Сепаненко долго сохранял значение прямой родственной связи, а не сословной принадлежности. Носитель такой фамилии мог быть и крестьянином, и казаком, и мещанином — модель -енко не была закреплена за каким-то одним сословием.

Интересная деталь: написание фамилии с буквой «е» в первом слоге (Сепа- вместо Степа-) нередко вводит в заблуждение. Человек, впервые видящий фамилию, может попытаться связать её с корнем «сеп» (от латинского sepsis — «гниение»), но это ложный след. На самом деле перед нами чисто фонетический облик имени Степан, зафиксированный в письменных источниках. В дореволюционных метрических книгах можно встретить колебания: то же лицо записывали и как Степаненко, и как Сепаненко — в зависимости от грамотности писаря и местного произношения.

Фамилия Сепаненко — не редкая, но и не массовая. Её носители разбросаны по Украине и приграничным областям России, а также в диаспоре. Других версий происхождения, кроме патронимической от имени Степан, ономастика не предлагает — основа слишком очевидна.