Фамилия Сепханян — армянская, и её разумнее всего разбирать сразу через призму армянской ономастики, а не через русские суффиксальные модели. Основа фамилии — Сепхан — восходит к личному имени или прозвищу. В армянском языке корень «сеп» (սեպ) означает «клин», но вряд ли это прямое указание на ремесло плотника или кузнеца. Скорее всего, перед нами вариант имени Степан (Степанос), которое в армянской народной традиции давало формы вроде Сеп, Сепо, Сепхан. «Хан» в составе — не титул, а распространённый армянский уменьшительно-ласкательный суффикс (-хан), который присоединяли к личным именам, чтобы образовать домашнее, обиходное имя: Арутюн → Арутхан, Степан → Сепхан. Таким образом, Сепхан — это «Степаныч» или просто «Степанушка» в местном, бытовом звучании.

Фамильный суффикс -ян (в дореволюционной орфографии часто -янц) — классический армянский патронимический показатель, соответствующий русскому «сын» или «потомок». Сепханян означает «из рода Сепхана», то есть потомок человека по имени Сепхан. Географически фамилия тяготеет к Западной Армении и историческим областям, откуда армяне расселялись по диаспоре — в частности, к районам Вана, Муша или Эрзурума. В Российской империи носители фамилии чаще всего встречались в Тифлисской и Елизаветпольской губерниях, а также в черноморских портах, куда переселялись армянские ремесленники и торговцы.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс указывает на сословную принадлежность, армянские фамилии на -ян не несли социальной нагрузки — их носили и крестьяне, и купцы, и священники. Сепханян не исключение: предки могли быть и земледельцами, и ремесленниками, и мелкими торговцами. Сословная принадлежность здесь не закреплена в словоформе. Споров о происхождении фамилии почти нет: она прозрачна для армянской ономастики, и версия с именем Степан через форму Сепхан — основная и наиболее правдоподобная. Редкий случай, когда этимология не требует гаданий.