Фамилия Серченя почти наверняка происходит от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит глагол «серчать», который Владимир Даль толкует как «гневаться, негодовать, быть чем недовольным, раздражаться и злиться». То есть прозвище Серченя могло закрепиться за человеком вспыльчивым, с крутым нравом, которого легко было вывести из себя. Такие прозвища по характеру — распространённое явление: они точно и без обиняков описывали человека, а потом становились фамилией для его потомков.

Впрочем, есть и вторая версия, которую стоит учитывать. Формально Серченя можно сблизить с прилагательным «серый». Тогда прозвище относилось бы к внешнему виду — например, к человеку, который постоянно носил серую одежду, или к тому, кто имел невзрачную, «серую» внешность. Однако эта гипотеза слабее: в белорусском и западнорусском словообразовании суффикс -еня активно присоединялся именно к глагольным основам, образуя прозвища по действию (ср. Кривеня, Молченя). Поэтому версия с «серчать» выглядит предпочтительнее.

Сама форма фамилии — с конечным -я — выдает её белорусское или западнорусское происхождение. Такие фамилии на -еня (-оня, -еля) типичны для белорусской народной ономастики и встречаются на территории Минской, Гродненской и Витебской областей. Подтверждение этому находим в Книге памяти: там упоминаются Серченя Никифор Емельянович (р. 1888 г.) и Серченя Никифор Федорович (р. 1880 г.), оба из деревни Дуброво Любанского района Минской области. Оба — крестьяне, ровесники, носившие одно имя, что говорит о распространённости фамилии в этой местности среди простого сельского населения.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму без патронимического суффикса -ов/-ев. В русской традиции такие «голые» прозвищные фамилии обычно окаменевали в форме именительного падежа, и Серченя — как раз такой случай. Это делает фамилию редкой: она не склоняется по привычной модели, а потому выделяется даже среди соседних белорусских фамилий. Потомки того самого сердитого или, если верить второй версии, серого предка до сих пор носят её без изменений.