Имя Сергей (в каноническом прочтении Сергий) образовано от латинского «сергиус» - «высокочтимый, высокий». Именование Сергееня, вероятно, получил сын человека по имени Сергей, то есть «маленький Сергей» (компонент -еня имеет уменьшительное значение). Элемент -еня нередко используется при образовании украинских фамилий. Таким образом, можно предположить, что фамилия Сергееня имеет украинское происхождение.