Фамилия Сесейкын стоит особняком даже на фоне редких русских фамилий. Её основа и суффикс нехарактерны для славянской ономастики, и первое, что бросается в глаза, — это окончание -ын. В русской традиции фамилии на -ын образуются от основ на -а/-я (Птицын, Ильин) или от слов женского рода (Дурын от «дура»). Но здесь корень «Сесейк» не похож ни на одно русское слово, имя или прозвище. Это почти наверняка указывает на иноязычное происхождение — скорее всего, тюркское или кавказское.

Самая вероятная версия: фамилия происходит от тюркского имени или прозвища Сасейк, Сесейк или близкого по звучанию. В тюркских языках корень «сес» означает «голос», «звук», а «-ейк» — уменьшительный или ласкательный суффикс. Таким образом, «Сесейк» могло значить «голосочек», «звонкий» или «тот, кто говорит звонко». Прозвище могли дать обладателю громкого, чистого голоса — певцу, глашатаю, или, наоборот, болтливому человеку. При присоединении русского суффикса -ын фамилия приобрела типично русскую форму: «чей?» — Сесейкын, то есть «потомок Сесейка».

Менее вероятна, но возможна калмыцкая версия. В калмыцком языке есть слово «сес» — «мудрость», «разум». Тогда «Сесейк» могло быть именем с пожеланием ума, а фамилия закрепилась за потомками. Однако в калмыцких фамилиях суффикс -ын встречается редко, чаще используются -ов, -ев, -ин.

География фамилии подсказывает её происхождение: носители Сесейкын встречаются в основном в Калмыкии, Астраханской области и на Северном Кавказе. Это регионы с сильным тюркским и монгольским влиянием, где русские суффиксы накладывались на местные имена. Сословно предки Сесейкына в XIX веке с высокой вероятностью были крестьянами или казаками — фамилии такого типа редко встречаются среди дворян, которые чаще носили фамилии на -ский или -ов от церковных имён.

Написание фамилии устойчиво: «Сесейкын» с буквой «ы» в конце, а не «Сесейкин». Это дополнительно подтверждает, что основа заканчивалась на твёрдый согласный (к), и суффикс -ын присоединился без смягчения. Встречается вариант «Сесейкин» — результат адаптации под русскую орфографию, но он менее точен исторически.