Фамилия Сесей — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет ни привычного славянского суффикса -ов или -ин, ни типичного окончания. Это сразу подсказывает, что корни фамилии, скорее всего, не русские, а заимствованные, и её история может быть связана с несколькими этническими линиями.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «Сесей» без какого-либо патронимического суффикса. В русской традиции так могли закрепиться фамилии, пришедшие из других языков «как есть», без адаптации. Самая вероятная версия — фамилия восходит к библейскому имени Иессей (вариант — Ессей). В православной традиции это имя носил отец царя Давида. В разговорной речи и при переносе в иную языковую среду начальное «И» могло отпасть, а имя сократиться до формы «Сесей». Такой путь типичен для фамилий, которые давали священники выпускникам духовных семинарий (семинарские фамилии) или которые закрепились за крестьянами, получившими имя святого в качестве прозвища.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «сес» или «сесей» может означать «голос», «звук» или быть частью сложного прозвища. Однако в этом случае фамилия чаще встречалась бы у народов Поволжья или Кавказа, а не в центральных русских губерниях. Поскольку фамилия фиксируется в основном в южнорусских и украинских регионах, первая, библейская версия выглядит убедительнее.

Социальный контекст тоже помогает сузить поиск. Фамилии без суффиксов, особенно такие короткие, в крестьянской среде почти не встречались — их обычно «обкатывали» до формы Сесеев или Сесейкин. Если фамилия осталась в форме Сесей, это указывает либо на позднюю документальную фиксацию (например, в метрических книгах XIX века), либо на её книжное, искусственное происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо выходцем из духовного сословия, либо получил прозвище в среде, где грамотность и библейские сюжеты были в ходу.

Географически фамилия Сесей — редкая, точечная. Она не образует гнёзд в переписях, а встречается единично. Это дополнительный аргумент в пользу того, что перед нами не родовое прозвище, а индивидуальная фамилия, образованная от личного имени или прозвища конкретного человека, а не от названия ремесла или места жительства.