Фамилия Сетченкова — женская форма от Сетченков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Сетченок. Ключевая особенность здесь — суффикс -енок (в современном звучании -ёнок), который в восточнославянской традиции чаще всего указывал на молодое существо или детёныша: волчонок, лисёнок. В фамилиях этот суффикс нередко закреплялся за младшим сыном или учеником мастера. Сетченок — буквально «младший Сетка» или «сын Сетки».

Основа Сетк- восходит к глаголу «сечь» (рубить, резать, бить). В диалектах «сетка» могло означать не только плетёное изделие, но и человека с резким, рубящим характером, либо того, кто занимался сечкой — например, рубил капусту, дрова или работал на лесоповале. Второй вариант: прозвище Сетка могли дать по инструменту — тому, кто постоянно носил с собой сечку (тяпку) или работал секачом. Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием речки Сетунь или Сетка (в Подмосковье и на Смоленщине), но тогда фамилия писалась бы через «у» — Сетунченков.

Фамилия редкая, с ярко выраженной «северной» или «южнорусской» огласовкой: суффикс -енок типичен для украинских, белорусских и южнорусских (курских, орловских) фамилий, хотя встречается и на Русском Севере. Встречаемость Сетченковых фиксируется в основном в центральных и южных областях России, что подтверждает ремесленную или крестьянскую природу прозвища.

В дореволюционных источниках фамилия могла писаться как Сетчёнков (с буквой «ё»), что точнее передаёт произношение. После реформы орфографии 1918 года написание закрепилось через «е». Социально предки Сетченковых — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, ремесленники (плотники, бондари) или мелкие служилые люди, чьё прозвище закрепилось в документах XVII–XVIII веков.