Фамилия Сетикенова — довольно редкая, и её разбор требует особого внимания к основе. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на «-ова», обычно принадлежат женщинам и образованы от мужской формы на «-ов». Мужской вариант здесь — Сетикенов. Но корень фамилии не славянский, что сразу указывает на её происхождение из тюркских или кавказских языков.

Основа «Сетикен» скорее всего восходит к тюркскому имени или прозвищу. В казахском, киргизском, ногайском или татарском языках «сети» (или «сәти») может быть вариантом имени Сати (Сәти) — краткой формы от арабского «Садык» (правдивый, честный) или от «Саит» (счастливый, удачливый). Вторая часть «-кен» — распространённый тюркский суффикс, образующий уменьшительно-ласкательные формы имён или указывающий на принадлежность. Например, в казахском «кен» может означать «широкий, обильный», но в составе имени он чаще выполняет роль аффикса, придающего оттенок «маленький, родной» (как в именах Айкен, Бекен). Таким образом, Сетикен — это ласкательная форма от имени Сети (Сати), а сама фамилия означает «потомок Сетикена» или «принадлежащий Сетикену».

Другая, менее вероятная версия связывает основу с тюркским словом «сет» (сеть, решётка) или «сетік» (сетка, плетение), но в этом случае фамилия могла бы указывать на ремесло предка — мастера по плетению корзин или сетей. Однако для тюркских фамилий более типично происхождение от личного имени, а не от названия предмета, поэтому первая версия кажется более правдоподобной.

В русском контексте фамилия Сетикенова появилась, скорее всего, в результате русификации тюркской фамилии при записи в метрические книги или паспорта. Суффикс «-ов» добавили по модели русских фамилий, чтобы указать на родство. Географически такие фамилии чаще встречаются в Астраханской области, Оренбуржье, на Северном Кавказе (особенно у ногайцев) или в Казахстане. Носительницы фамилии Сетикенова могут иметь корни из этих регионов.

Что касается сословной принадлежности, то, в отличие от русских дворянских фамилий, тюркские фамилии на «-ов» обычно носили крестьяне, казаки или мелкие служилые люди. Никаких сведений о знатном происхождении этой фамилии нет, и скорее всего, предки были простыми людьми — скотоводами или земледельцами, а имя Сетикен передавалось в роду как родовое прозвище.