Фамилия Сетнеров — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища, но основа «Сетнер» в русском языке не встречается. Это почти наверняка сигнал о заимствованной основе, адаптированной русским окончанием.

Скорее всего, в основе фамилии лежит тюркское или финно-угорское имя или прозвище. Например, у чувашей и татар есть мужское имя Сетнер (или Сетнерге), которое восходит к древнебулгарским корням и означает «последний сын» или «младший ребенок». В чувашской ономастике имя Сетнер фиксируется как дохристианское, а после крещения народов Поволжья такие имена становились фамилиями. Если предок носителя фамилии был чувашом, татарином или марийцем, то при переходе в русскую культуру его имя Сетнер превратилось в отчество, а затем в фамилию Сетнеров — буквально «сын Сетнера».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с немецкой фамилией Setzner или Sätner. В немецком языке это могло быть профессиональным прозвищем — от слова Setzer (наборщик, сажальщик) или Sattner (седельник). Однако фамилия Сетнеров в русском контексте почти всегда имеет суффиксацию -ов, что указывает на адаптацию иноязычной основы именно в среде, где русский язык был государственным. Немецкие колонисты в России (например, в Поволжье) могли русифицировать свою фамилию таким образом, но это скорее исключение.

Географически фамилия Сетнеров встречается в основном в Чувашии, Татарстане, Башкортостане и в регионах Поволжья. Это подтверждает связь с тюркским именем. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла писаться как Сетнеров, а в редких случаях — Сетнер (без суффикса). Сословно носители чаще всего были крестьянами или мещанами, поскольку фамилии на -ов от личных имен массово закреплялись за сельским населением в XIX веке.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие аналоги — Сетнер, Сетнерев, Сетнеровский. Последняя форма могла возникнуть у духовенства (семинарские фамилии), но для Сетнеров это маловероятно: слишком редкая и локальная основа.