Фамилия Сетнерова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии и заставляет искать корни за пределами привычных русских прозвищ. Сразу бросается в глаза, что это женская форма; мужской вариант — Сетнеров. В русской традиции такие фамилии обычно образовывались от полных или уменьшительных имён, но «Сетнер» не похоже на каноническое крестильное имя.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или дохристианское имя, связанное с тюркскими языками. В чувашском, татарском и башкирском есть слово «сет» — «семь», а «нер» может означать «хребет», «спина» или быть частью сложного имени. Например, «Сетнер» могло быть составным прозвищем вроде «Семиплечий» или «Семихребетный» — так могли назвать сильного, широкоплечего человека. В тюркской ономастике нередки числительные в составе имён (Биктимер — «железо-тысяча», Алтынбай — «золотой богач»), так что «Сет» как «семь» вполне укладывается в эту модель.

Другая версия — фамилия могла возникнуть от этнонима. В Поволжье и Приуралье существовала группа «сетнеров» — так иногда называли чувашей или башкир из определённого рода, где «сет» означало «родня», «племя». В этом случае Сетнеров — указание на принадлежность к конкретной общине, а не на личное качество.

Суффикс -ов/-ев указывает на русское оформление фамилии, что типично для народов, вошедших в состав Российского государства: местное имя или прозвище получало стандартный патронимический суффикс при переходе в официальную фамилию. Географически фамилия Сетнерова встречается в Чувашии, Татарстане, Башкортостане и среди переселенцев в Сибири. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии.

Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что неудивительно: это фамилия крестьянского или мещанского сословия, не попавшая в дворянские родословные книги. Для носителя фамилии Сетнерова главный ключ к её разгадке — регион предков: если корни из Чувашии или Башкирии, то наиболее вероятна тюркская основа с числительным «семь». Если из русского села — возможно, искажённое «Седнеров» от «седой» (человек с сединой), но это уже менее убедительная гипотеза.