Фамилия Сетун — редкая для русского уха, но её происхождение укладывается в простую и логичную схему. В основе лежит не имя и не профессия, а географический объект — река Сетунь, левый приток Москвы-реки, протекающий через западные районы Москвы.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: фамилия образована от названия реки Сетунь путём усечения суффикса -ь и добавления нулевого окончания. По сути, это вариант фамилии Сетунь, который мог возникнуть по нескольким причинам. Во-первых, в просторечии название реки нередко произносили и писали как «Сетун» — без мягкого знака на конце. Во-вторых, при оформлении фамилии в официальных документах (например, при переписи или записи в метрическую книгу) писарь мог механически отбросить мягкий знак, восприняв слово как существительное мужского рода. В-третьих, фамилия могла закрепиться в форме Сетун как прозвище человека, пришедшего с берегов этой реки.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, фамилия Сетун не имеет патронимического суффикса. Это так называемая «окаменевшая» форма, которая застыла в именительном падеже. Такие фамилии встречаются реже и часто указывают на более позднее или нерусское происхождение, но в данном случае перед нами, скорее всего, русская фамилия, возникшая в среде крестьян или мещан, переселившихся из Подмосковья.

Есть и более экзотическая версия, связывающая фамилию с гидронимом Сетунь, который некоторые исследователи возводят к балтийским или финно-угорским корням. Однако для носителя фамилии это не меняет сути: предки, вероятно, жили в окрестностях реки Сетунь — в сёлах Троицкое-Голенищево, Матвеевское или Очаково, которые до XX века оставались подмосковными деревнями. Фамилия могла закрепиться за одним из таких выходцев, которого в новом месте прозвали по реке, откуда он родом.

Сравните с однокоренными фамилиями: Сетунов, Сетуньский, Сетунцев. Все они образованы от того же гидронима, но с разными суффиксами. Форма Сетун — самая лаконичная и, возможно, самая древняя, сохранившая исходный топоним почти без изменений.