Фамилия Сеьушин — редкий случай, где написание сразу бросается в глаза. Мягкий знак после «с» и гласная «ьу» нехарактерны для русской орфографии. Скорее всего, перед нами искажение или опечатка, закрепившаяся в документах. Вероятная исходная форма — Селюшин или Селушин. В таком случае разбор становится прозрачнее.

Основа «Селюш-» или «Селуш-» восходит к прозвищному имени Селюта или Селута. В русских говорах «селюта» — это «селянин», «житель села», иногда с оттенком «деревенщина», «простак». Суффикс -уша (с чередованием т/ш) — типичный для уменьшительно-пренебрежительных прозвищ: Селюта → Селюша, как Малюта → Малюша. Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Селюши».

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным «сельга» (лесная глушь, заросшая поляна). Тогда Селюша — человек, живущий у сельги. Но это предположение слабее, так как суффикс -уш- чаще образует прозвища от личных имён, чем от географических названий.

Географически фамилия в форме Селюшин встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Там же бытовали однокоренные Селуянов, Селунский. Социальный срез — крестьянская или мещанская среда: прозвище «селюта» не носило дворянского оттенка.

Если же написание Сеьушин не ошибка, а редкий вариант с твёрдым знаком (тверский говор или польское влияние), то корень мог бы быть «сев-» (север, севок). Но это чистая спекуляция: ни в одном серьёзном ономастическом справочнике такая форма не зафиксирована. Практически наверняка носителю фамилии стоит искать корни в Селюшиных — и помнить, что предок был простым сельским жителем, которого за это и прозвали.