Фамилия Сейбаккасов — редкий пример русской фамилии, образованной от тюркского мужского имени. Её основа — Сейбаккас (варианты: Сайбаккас, Сейбаккас). Это сложносоставное имя, где первая часть «сей» (или «сай») восходит к арабскому «саййид» — «господин», «повелитель», а вторая — «баккас» — имеет персидские корни и означает «подарок», «дар». В сумме имя можно перевести как «господин-дар» или «дар господина». Такие имена были популярны у казанских татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где арабские и персидские элементы смешивались с местной традицией.

Суффикс -ов указывает на обрусевшую форму фамилии. В русской среде фамилии на -ов/-ев давали по отцу: Сейбаккасов означало «сын Сейбаккаса». Окончание фамилии говорит о том, что носители жили в регионах с плотным русско-тюркским контактом — скорее всего, в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях, где татары и башкиры нередко переходили в православие или просто оформляли фамилии по русскому образцу.

В отличие от более частых тюркских фамилий вроде Бакиров или Ибрагимов, Сейбаккасов сохраняет редкую основу «баккас», которая почти не встречается в современных именниках. Это может говорить о том, что фамилия возникла в локальной группе, возможно, у тептярей или мишарей — этнических групп, где арабские имена часто видоизменялись под влиянием местных говоров.

Попытки связать фамилию с каким-либо ремеслом или прозвищем («сей» как «сей» в значении «этот») неубедительны: основа явно антропонимическая, а не нарицательная. В современных базах данных фамилия встречается единично, что подтверждает её редкость. Скорее всего, предки носителей были крестьянами или мещанами из смешанных русско-татарских поселений, где фамилия закрепилась в XIX веке после введения обязательных метрических записей.