Фамилия Сейбаккасова — редкий случай, когда основа почти наверняка не русская, а тюркская, скорее всего казахская или башкирская. Разбирать её по схеме «отчество от крестильного имени» бессмысленно: здесь нет славянских суффиксов -ов и -ин, а есть типичный для тюркских языков компонент «бай» (богатый, господин) и суффикс принадлежности -кас.

Ключ к пониманию — разбить фамилию на части. Первая часть «Сей» или «Сей-» — это, вероятно, искажённое арабское «Сейид» (господин, потомок пророка) или имя Сейт (вариант Сайда). Вторая часть «баккас» — сложнее. Здесь возможны два варианта. Первый: «бак» (смотри, береги) + «ас» (суффикс, образующий имя деятеля) — тогда «Баккас» могло быть прозвищем «смотритель» или «хранитель». Второй, более правдоподобный: «баккас» — это вариант тюркского «баксы» (шаман, знахарь, целитель). В казахском и башкирском «баксы» — народный лекарь, прорицатель. Соединяя с «Сей», получаем «Сей-баксы» — «господин-целитель» или «потомок знахаря».

Суффикс -ова в конце указывает на женскую форму фамилии (Сейбаккасова — дочь или жена Сейбаккаса). Мужской вариант — Сейбаккасов. Такое окончание — результат русификации тюркской фамилии при записи в метрики или паспорта, стандартная практика для XIX–XX веков.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где жили казахи и башкиры: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Казахстан. Встречаемость крайне низкая — носителей, скорее всего, несколько десятков семей. Предок по мужской линии мог быть сельским знахарем, уважаемым человеком в ауле, либо потомком старшины, носившего имя Сейт с прозвищем Баксы. Прямых аналогов в русских фамилиях нет, ближайшая параллель — Бакиров (от «бакыр» — медь) или Сейтов, но они образованы иначе.