Фамилия Сейдаханов — редкий пример тюркско-арабского именного образования, адаптированного русской патронимической моделью. Её основа — мужское имя Сейдахан (варианты: Сейдахмет, Сейдалы), которое состоит из двух частей: «Сейд» (от арабского «саййид» — господин, потомок пророка Мухаммеда) и «хан» (тюркский титул правителя, князя). Таким образом, имя Сейдахан буквально означает «господин-хан» или «знатный правитель» — типичный для кочевой знати комплиментарный антропоним, подчеркивающий благородство.

С точки зрения словообразования, это «чистая» патронимическая фамилия на -ов. В русской традиции суффикс -ов присоединяется к основе мужского имени, образуя притяжательное прилагательное: «чей?» — Сейдаханов, то есть «сын (потомок) Сейдахана». Примечательно, что в отличие от более частых фамилий на -ев (после мягких согласных), здесь сохранён твёрдый конечный согласный «н» основы, что указывает на достаточно позднюю и прямую фиксацию имени без фонетической русификации.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью, особенно к кумыкской, ногайской и татарской среде. У кумыков и ногайцев имя Сейдахмет (Сейдахан) было распространено среди духовенства и старшин, что косвенно подтверждает высокий статус основателя рода. Встречаются носители также у казахов и крымских татар, но в форме Сейдахметов — это тот же корень, но с другим аффиксом в имени.

Интересная деталь: фамилия Сейдаханов почти не встречается в старых дворянских родословных книгах Российской империи. Это говорит о том, что её носители в большинстве своём относились к податным сословиям (государственные крестьяне, казаки или горские общества), где фамилии закрепились поздно, в XIX — начале XX века, при переписях и паспортизации. Двойное арабско-тюркское имя в основе — не признак знатности, а скорее дань религиозной традиции (статус «саййида» мог передаваться по отцу, но не давал сословных привилегий в России).

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет: арабская этимология «Сейд» общепризнана в ономастике (см. работы Г.Ф. Благова, А.Х. Халикова). Единственный нюанс — возможная путаница с фамилией Сейданов (без «хан»), где основа — имя Сейдан (Сейд + аффикс принадлежности -ан), но у Сейдахановых вторая часть имени чётко указывает на титул, а не на суффикс.