Фамилия Сейкаускас — один из ярких примеров литовской антропонимии, которая сохранила свою национальную форму и не была русифицирована. Её основа — мужское личное имя Сейкаус, которое в свою очередь образовано от литовского слова seika — «мера сыпучих тел», «посуда для зерна». Человек по прозвищу Сейкаус мог быть мельником, торговцем зерном или просто человеком, следившим за точностью мер. В литовской традиции такие прозвища нередко переходили в фамилии без изменений, что и закрепилось в форме Сейкаускас.

Суффикс -ас — типичное литовское окончание мужских фамилий в именительном падеже. Если бы фамилия бытовала в польской или русской среде, она могла бы принять форму Сейкауский или Сейкаускис. Однако именно окончание -ас выдает её происхождение из литовского языкового ареала, скорее всего, из Жемайтии или Аукштайтии. В письменных источниках фамилия встречается с XIX века, когда в Литве начали массово фиксировать фамилии крестьян.

Стоит отметить, что в литовском языке слово seika имеет более узкое значение, чем в русском: это не любая мера, а именно деревянная или глиняная посуда для отмеривания зерна. Поэтому прозвище Сейкаус могло относиться не только к профессии, но и к внешности — полному, «мешковатому» человеку. Впрочем, профессиональная версия считается основной в ономастике.

В России фамилия Сейкаускас встречается редко, в основном у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века. Изменённые формы — Сейкаускайте (девичья) и Сейкаускене (замужняя) — указывают на сохранение литовской грамматической системы, где фамилия меняется по родам.