Фамилия Сейсекина — редкий случай, когда географическая привязка говорит больше, чем разбор корня. Если вы встретили эту фамилию, с высокой вероятностью её носители родом с Русского Севера, из Архангельской области или Карелии. Там же зафиксированы однокоренные варианты — Сейсекин, Сейсюкин, Сейсюкина. Основа фамилии — прозвище Сейсека, которое, скорее всего, происходит от глагола «сейсюкать» или «сейкать» — в северных говорах это означало «сюсюкать», «шепелявить», говорить невнятно, по-детски. Человек с таким прозвищем мог иметь мягкий, неразборчивый говор или, наоборот, привычку сюсюкаться с детьми.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сейсекина — «дочь (или жена) Сейсеки». В русской ономастике этот суффикс типичен для фамилий, образованных от личных прозвищ на -а/-я. Мужская форма — Сейсекин — встречается реже, женская же закрепилась, возможно, из-за того, что фамилию чаще носили женщины в документах определённой местности.

Не стоит путать Сейсекину с фамилиями, образованными от тюркских или финно-угорских корней, хотя северные говоры активно заимствовали слова из карельского и вепсского. Но в данном случае корень чисто русский, диалектный. Словарь русских народных говоров фиксирует «сейкать» и «сейсюкать» именно в архангельских и олонецких говорах. Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище за особенность речи. Никакого дворянства или знаменитых однофамильцев за этой фамилией не числится — это редкая, локальная и очень конкретная по происхождению фамилия.