Фамилия Сейсеков — одна из тех, чья основа не лежит на поверхности и требует обращения к тюркским языкам. Её носители, скорее всего, имеют казахские или киргизские корни, а сама фамилия образована по русской модели патронимического суффикса -ов, добавленного к тюркскому имени или прозвищу.

Разбираем основу: Сейсек. В казахском и киргизском языках слово «сейсек» (или «сейіс») имеет значение «сорока» — птица, известная своей крикливостью и пёстрым оперением. В тюркской ономастике названия птиц нередко становились личными именами или прозвищами. Такое имя могли дать ребёнку как оберег — чтобы он был таким же быстрым, заметным или голосистым. Встречается и вариант «Сейісбек», где «бек» означает «господин», «князь», и тогда Сейсеков может быть усечённой формой от этого сложного имени. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: основа восходит к арабскому «сейид» (господин, потомок пророка), которое в тюркской среде могло трансформироваться в «сейсек» через народную этимологию.

Модель образования — типичная для фамилий, возникших в XIX–XX веках у народов Средней Азии и Казахстана при контакте с русской административной системой. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду: «сын Сейсека». В дореволюционных документах фамилия могла записываться вариативно: Сейсеков, Сейсек-улы, Сеисеков, в зависимости от грамотности писаря.

Географически фамилия бытует преимущественно в Казахстане (особенно в южных и западных областях) и в приграничных районах России (Астраханская, Оренбургская области), куда переселялись казахи. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — от конкретного рода или аула, где имя Сейсек было распространено.

Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а само прозвище-имя могло закрепиться за основателем рода в устной традиции. Дворянских корней у фамилии нет — это типичная народная фамилия, возникшая в крестьянской или кочевой среде.