Фамилия Сейсекенов — редкий пример казахского или тюркского происхождения, адаптированный русской патронимической моделью. Её основа восходит к личному имени Сейсекен или прозвищу, которое в тюркских языках может означать «сорок восемь» (ср. казахское «қырық сегіз»). Числовые прозвища у кочевников нередко давали по количеству лет, прожитых отцом к моменту рождения сына, или по числу воинов в отряде, но в данном случае число 48 не имеет устойчивого символического значения — вероятнее, оно указывало на возраст отца или на какой-то бытовой счёт (например, количество голов скота). Аффикс -ов типичен для русификации фамилий: в XIX—XX веках при записи в метрики или советские документы к тюркской основе добавляли русский суффикс принадлежности, чтобы вписать человека в имперскую или советскую бюрократию.

Географически фамилия Сейсекенов встречается почти исключительно в Казахстане и среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречаемость крайне низкая — по открытым данным, носителей не более нескольких сотен человек. Это говорит о том, что фамилия не распалась на множество ветвей, а осталась локальной, возможно, связанной с одним родом или аулом.

Словообразовательная модель проста: корень Сейсекен (личное имя) + русский суффикс -ов. В самой тюркской основе нет ни суффиксов, ни дополнительных морфем — это чистое числительное, ставшее именем. Сравните с фамилиями Жигитов («всадник»), Баймуратов («богатый Мурат») — у Сейсекенова нет арабского или персидского компонента, только тюркский числовой корень.

Споров о происхождении почти нет: альтернативная версия, что основа восходит к арабскому «сейид» (господин) с тюркским суффиксом, маловероятна — фонетика и морфология указывают на числительное. В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована, что типично для редких локальных фамилий, не попавших в общероссийские словари. Если ваш предок носил имя Сейсекен, он, скорее всего, был простым кочевником-скотоводом, а фамилию получил уже при советской паспортизации.