Фамилия Сейсюк на первый взгляд кажется загадочной, но её происхождение проясняется, если посмотреть на географию и словообразовательную модель. Это типичная украинская или западнорусская фамилия с суффиксом -юк, который в восточнославянских языках чаще всего указывает на «сына» или «потомка» (как -енко, -ович). То есть Сейсюк — это «сын Сейса». Основа Сейс- — это, скорее всего, не полное имя, а усечённая или разговорная форма от канонического имени. Самое вероятное — от имени Евсевий (в народном произношении Евсей, Овсей), где начальный гласный отпал, а «в» перешло в «й». Так Евсей превращался в Сей, и от него образовывали фамилии: Сейко, Сейчук и, наконец, Сейсюк. Вторая версия — от имени Созонт (в просторечии Созон, Созоня), но она менее убедительна: звуковой переход до формы «Сейс» сложнее.

Суффикс -юк характерен для Подолья, Волыни и Западной Украины, но встречается и в белорусских, и в южнорусских говорах. Это указывает на то, что предок Сейсюков, скорее всего, был крестьянином или казаком из этих регионов, а фамилия закрепилась за его потомками в XVI–XVIII веках, когда массово оформлялись родовые прозвания. Интересно, что фамилия не получила распространения в центральной России — там бы её записали как Сейсов или Сейсин, по модели на -ов/-ев. Сохранение украинского суффикса — верный признак того, что носители долго жили в среде, где этот формант был нормой.

Встречается также вариант написания Сесюк, но он может быть результатом описки или диалектного произношения — чередование «ей» и «е» в безударном положении. Если же брать совсем редкую версию, то в некоторых говорах «сейс» могло быть прозвищем от глагола «сеять» (сей — сей, то есть сеятель), но это уже натяжка: для прозвища от действия скорее взяли бы форму Сейтель или Сеятель. Поэтому основная гипотеза — от имени Евсей — остаётся самой простой и правдоподобной.