Фамилия Сейсян звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Она явно не восточнославянская: её не образует ни один из типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Фамилия Сейсян — армянская, и её структура это прямо подтверждает.

В основе лежит армянский суффикс -ян (или -ан), который означает принадлежность к роду, происхождение от предка. Суффикс -ян — один из самых распространённых в армянской ономастике, аналог русского -ов. Корень фамилии — Сейс. Скорее всего, это личное имя или прозвище. В армянском языке есть имя Сейс, которое может восходить к тюркскому или арабскому влиянию, где «сейс» означало «старший», «господин» или «глава». В некоторых диалектах слово «сейс» могло обозначать конюха или слугу, ответственного за лошадей, что тоже не редкость для прозвищ.

Таким образом, фамилию Сейсян получили потомки человека по имени Сейс или с прозвищем Сейс. Если верна версия с именем, то предок мог быть уважаемым человеком, старейшиной. Если прозвищная — то конюхом или смотрителем. Оба варианта правдоподобны, и точное значение сегодня уже не установить, но ясно, что фамилия указывает на родство с конкретным человеком, а не на географию или ремесло целой семьи.

В России и на постсоветском пространстве носители фамилии Сейсян, как правило, потомки армян, переселившихся из исторической Армении или регионов компактного проживания армян (например, из Нагорного Карабаха, Сюника, а также из диаспоры). Фамилия не редкая для армянской среды, но за её пределами воспринимается как экзотичная. Её написание в русском языке устоялось через транслитерацию: Сейсян, а не Сейсян или Сейсянц (хотя в диалектах встречаются варианты с -ц на конце). Никаких других версий, кроме армянской, у этой фамилии нет — попытки связать её с русскими корнями лишены основания.