Фамилия Сейсекеева — одна из тех, что сразу выдают своё восточное, а точнее тюркское происхождение. В основе лежит мужское имя Сейсеке (вариант написания — Сейсекей), которое образовано от арабского «Сейид» (господин, потомок пророка) и тюркского компонента «секе» или «саке». Последнее слово в казахском и других тюркских языках может означать «прыжок», «скачок» или же быть частью прозвища, указывающего на резвого, подвижного человека. Таким образом, имя Сейсеке можно перевести примерно как «благородный скакун» или «господин-прыгун», хотя в бытовом употреблении оно скорее воспринималось как цельное личное имя без детального перевода.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. В паспортной форме Сейсекеева мы видим притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «дочь (или жена) Сейсекея». Женский вариант фамилии здесь первичен по написанию, а мужской — Сейсекеев — образуется простой заменой окончания. Такая модель типична для фамилий, которые фиксировались у казахов, киргизов и других народов Средней Азии в XIX–XX веках при получении документов на русском языке.

Географически фамилия привязана к Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается она нечасто, что говорит о её относительно позднем закреплении или о локальном бытовании родового имени. В казахской среде до XX века фамилий в современном понимании не было — люди пользовались именем и отчеством (атасынын аты), а при советской паспортизации записывали родовое имя или прозвище старшего предка. Поэтому Сейсекеева — это, скорее всего, фамилия потомков конкретного человека по имени Сейсеке, жившего в конце XIX века.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ев, где ударение падает на последний слог основы (Ива́нов), здесь ударение, вероятно, сохраняется на втором слоге — Сейсеке́ева, повторяя ритмику исходного имени. Встречаются варианты написания через «и» — Сейсикеева, что отражает особенности произношения в разных диалектах казахского языка.

Социальный контекст прост: предки носительницы фамилии были скотоводами или земледельцами, а само имя Сейсеке давалось, вероятно, в честь уважаемого в роду предка, носившего религиозный титул «сейид». Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за этой фамилией не числится — это типичная фамилия-патроним, рассказывающая о конкретном человеке, от которого пошёл род.