Фамилия Сейтхожин — характерный пример антропонимики казахского происхождения, адаптированной русской паспортной системой. Её основа — составное мужское имя Сейтхожа, которое в тюркских языках складывается из двух компонентов: «Сейт» (арабское «саййид» — господин, потомок пророка) и «хожа» (от персидского «хваджа» — хозяин, наставник, а также титул для потомков пророка в Средней Азии). Таким образом, имя Сейтхожа буквально означало «господин из господ» или «сейид-ходжа», то есть двойное указание на высокое религиозное или родовое достоинство.

Фамилию образовали по русской модели: к основе на согласный добавили суффикс -ин, который в фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Сейтхожин, то есть сын Сейтхожи). Это типичный для XIX–XX веков способ русификации тюркских имён при записи в метрические книги, военные списки или документы переселенцев. В отличие от фамилий на -ов, суффикс -ин здесь неслучаен: он присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я или на мягкий согласный, но в случае с Сейтхожа — из-за конечного гласного «а» в имени, который при адаптации отпал, оставив твёрдую основу Сейтхож.

Географически фамилия распространена прежде всего в Казахстане, особенно в южных и западных регионах, а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречаются варианты написания: Сейтходжин, Сейтхожин (с «д» или без), что связано с разной передачей звука «х» и «дж» в русской графике. С точки зрения сословной истории, носители фамилии в Российской империи чаще всего относились к «инородцам» — казахам, которые не входили в податные сословия, но могли быть как рядовыми скотоводами, так и представителями аульной знати (баи, старшины), если имя указывало на реальное происхождение от ходжей.

Однокоренные фамилии — Сейтов, Хожин, Сейтжанов — показывают, что компоненты имени могли дробиться и давать отдельные родовые прозвания. Но Сейтхожин сохранил двусоставность, что делает его более информативным для генеалогического поиска: предок точно носил полное имя Сейтхожа, а не только его часть.