Фамилия Сейтмухаметова — яркий пример тюркско-арабского именослова, перешедшего в русскую фамильную систему через суффикс притяжательности. Её основа — составное мужское имя Сейтмухамет, где первая часть «Сейт» (араб. سيد, «саййид») означает «господин», «потомок пророка», а вторая — «Мухамет» (народная форма имени Мухаммад, «восхваляемый»). Таким образом, имя буквально переводится как «господин Мухаммад» или «потомок пророка по имени Мухаммад». В исламской традиции такие имена подчёркивали уважение к пророку и часто давались в семьях, возводивших свой род к пророку или просто желавших подчеркнуть благочестие.

Модель образования фамилии типична для регионов, где русская администрация фиксировала фамилии у тюркских народов: к полному мужскому имени добавили русский суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Фамилия Сейтмухаметова — женская форма; мужская — Сейтмухаметов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Сейтмухамета». Такая модель массово закреплялась у татар, башкир, казахов и других народов Поволжья и Урала в XIX — начале XX века, когда при переписях и воинском учёте людям давали фамилии по имени отца.

Географически фамилия с наибольшей вероятностью восходит к татарам или башкирам. В этих языках форма «Сейтмухамет» встречается чаще, чем, скажем, у казахов (где типичнее вариант «Сейтмухамед» или «Сейтмұхаммед»). Корень «Сейт» (от «сайид») в составе имени указывает на возможное почитание предка как потомка пророка, но на практике в народной среде это могло быть просто престижным компонентом, не обязательно подтверждавшим реальную генеалогию.

Стоит упомянуть, что в русском написании фамилия сохраняет тюркскую фонетику: мягкое «е» после «С» и ударение, скорее всего, на втором слоге от конца (Сейтмухаме́това). Встречаются варианты с буквой «д» на конце первой части (Сейдмухаметова) — это следы арабского произношения через арабскую графику, где «даль» (д) и «та» (т) могли путаться при передаче кириллицей. Однако форма с «т» считается нормативной для татарской и башкирской традиции.

Искать однокоренные фамилии стоит среди Сейтовых, Сейтмуратовых, Мухаметовых — все они построены по той же модели и встречаются в тех же регионах. Фамилия Сейтмухаметова — не редкая, но и не массовая; её носители сосредоточены в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию нет — как и у подавляющего большинства фамилий этого типа, её носителями были крестьяне, мелкие торговцы или духовные лица.