Фамилия Сезганова — женская форма от Сезганов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Корень «сезг—» не встречается в общеупотребительных русских словах, что сразу наводит на мысль о заимствовании или диалектном прозвище. Скорее всего, основа восходит к тюркскому «сез» (слово, речь) или к глаголу «сезгэ» (чувствовать, догадываться) в татарском, башкирском или казахском языках. В таком случае прозвище Сезган могли дать человеку проницательному, догадливому или, наоборот, болтливому — в зависимости от того, какое значение закрепилось в конкретной местности.

Суффикс «-ан» в основе типичен для тюркских имён и прозвищ (ср. Сарман, Туган), а русский патронимический суффикс «-ов» добавился уже при оформлении фамилии. Таким образом, Сезганов — это «сын Сезгана», где Сезган — личное прозвище или дохристианское имя. Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским или башкирским влиянием: Поволжье, Приуралье, юг Урала. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный характер.

Есть и менее вероятная версия: связь с русским диалектным словом «сезга» — так в некоторых говорах называли сырое, болотистое место или трясину. Тогда прозвище Сезга мог получить человек, живший у болота, или тот, кто вяз в речи, говорил невнятно. Но эта гипотеза слабее, так как слово «сезга» фиксируется редко и в основном в северных говорах, где тюркские влияния минимальны. Тюркское происхождение выглядит логичнее и объясняет и звучание, и ареал фамилии.

По сословной принадлежности предки Сезгановых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена.