Фамилия Сезоненко звучит так, будто в ней спрятано время года, но на самом деле её основа — древнее церковное имя Созонт. В просторечии оно превратилось в Сезон, и от этой формы и пошла фамилия. Имя Созонт греческого происхождения и переводится как «спаситель», так что предки носителей этой фамилии носили имя с высокой смысловой нагрузкой.

Скорее всего, переход шёл через промежуточную форму Сазон: Созонт → Сазон → Сезон. Такая цепочка типична для живой народной речи, где непривычное для уха сочетание звуков упрощалось. Потомок человека по имени Сезон со временем и получил фамилию Сезоненко.

Существует и другая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит прозвище Сезон от слова «сезонник» — так называли человека, занятого на сезонных работах. Однако церковное имя выглядит куда более вероятным источником: прозвищная версия не объясняет, почему для фамилии выбрали именно такую, довольно редкую, форму, тогда как имя Созонт было хорошо известно в святцах.

Суффикс -енко — верный маркер украинского или белорусского происхождения. В этих землях такие фамилии формировались как ответ на вопрос «чей ты?» — то есть «сын Сезона». Поэтому Сезоненко — это буквально «потомок Сезона», и фамилия эта, скорее всего, закрепилась где-то на территории современной Украины или Беларуси, а затем разошлась по миру вместе с носителями.