Фамилия Шабайдакова образована от мужского прозвища Шабайдак. Основа — тюркское слово «шабай» (в разных диалектах: «шабай», «шабайдык»), означающее «подлый», «низкий», «негодный». В казахском и татарском языках «шабай» — бранное прозвище для ленивого или никчёмного человека. Суффикс -дак (вариант -дык, -лык) в тюркских языках образует прилагательные и существительные со значением качества или принадлежности. То есть Шабайдак — буквально «тот, кто обладает свойством шабая», «негодник».

Фамилия закрепилась в русской среде через суффикс -ов, типичный для русских фамилий, и женское окончание -а. Носители фамилии — в основном потомки крещёных татар, башкир или казахов, перешедших в русское подданство и принявших православие. Географически фамилия тяготеет к Южному Уралу и Западной Сибири: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, реже — Казахстан.

Прозвище, лёгшее в основу, могло быть дано не только за дурной нрав, но и за неловкость, нерасторопность — в крестьянском быту такие качества осуждали, но нередко закреплялись в фамилиях без негативного оттенка для потомков. Фамилия редкая: по данным открытых баз, в России её носят не более двух-трёх сотен человек, большинство — в Челябинской области.

Словообразовательная модель необычна: тюркский суффикс -дак в русских фамилиях встречается редко (сравните: Бердаков, Тюльдаков). Обычно тюркские основы адаптировались через -ов/-ев напрямую, а здесь сохранилась внутренняя форма прозвища с чужеродным для русского уха аффиксом. Это указывает на относительно позднюю русификацию — вероятно, в XVIII–XIX веках, когда крещёные инородцы получали фамилии по прозвищам, ещё не успевшим обрусеть.